تحول مصرف بحر البقر إلي قنبلة كيميائية تهدد البيئة والمواطنين في شرق الدلتا بعد أن قامت مصانع تكرير البترول في مسطرد والأسمدة في أبوزعبل بصرف الزيوت الناتجة عن العمليات الصناعية فيه وكذلك مياه الصرف الصناعي غير المعالجة والتي تحتوي علي العديد من الملوثات كالمعادن الثقيلة غير القابلة للتحلل والعديد من المركبات الكيماوية فيه سكان القري والمدن القريبة من المصرف يقيمون بالتخلص من القمامة فيه أيضا فضلا عن القاء مياه الصرف الصحي للقاهرة والقليوبية والشرقية ولولا مياه الصرف الزراعي لتحول المصرف إلي بركة راكدة من الزيوت ومياه الصرف الصحي جاء ذلك في شكوي السكان ل 139 جمهورية مؤكدين أن التحاليل التي قام بها معهد بحوث الاراضي والمياه أثبتت أن المناطق الزراعية المحيطة ببحر البقر في الشرقية والتي تعتمد علي الري من مياهه تحتوي جميع محاصيلها علي بكتريا القولون البرازية والسالمونيلا وبعض العناصر البيولوجية والكيماوية مثل الأوكسجين البيولوجي والامونيا والمواد العالقةة والعديد من المواد الصلبة مما يمثل خطورة علي حياة الإنسان. الدكتور عبدالعال عبدالكريم كلية العلوم جامعة الزقازيق يؤكد ان المخلفات الصناعية التي تلقي في بحر البقر تحتوي علي عناصر السلنيوم والرصاص والزرنيخ والزئبق وهي عوادم صناعة الأصباغ ومخصبات الفوسفات ويصل تأثيرها إلي الإنسان من خلال استخدام مياه المصرف في الري فتركز في النباتات التي يتناولها الإنسان أو من خلال إستخدام مياهه في المزارع السمكية بمركز الحسينية فتتركز في خياشيم الأسماك وتنتقل للإنسان الذي يتناولها مسببة خللاً في الجهاز العصبي أو عن طريق شرب الحيوانات من المصرف مما يسبب لها خللا في وظائف الدم والكلي والجهاز العصبي وتأخر في نموه وإنتاجه. كما يعد المصرف بالأحراش التي علي جانبيه و ورد النيل مفرخة للبعوض المتحور الأشد خطورة الذي تعجز المبيدات الحشرية عن مكافحته وتهاجم جيوشه الاهالي والحيوانات وقد أصاب البعوض الأغنام بالفيروسات التي انتقلت للإنسان وقضت علي الكثير من اهالي قرية السماعنة بمركز فاقوس عام 1987 وعرفت وقتها "بحمي الدنك " . ويعترف بذلك الدكتور محسن خريبة وكيل وزارة الصحة بالشرقية قائلا إن بحر البقر مسئول عن العديد من الكوارث الصحية بالمحافظة لعل أبرزها انتشار مرض الفلاريا "داء الفيل " في المراكز المحيطة به وتتركز في أبوحماد والقرين ومشتول السوق حيث تتوطن البعوضة المسبية للمرض والتي تحمل يرقة صغيرة تضعها في دم الإنسان وتسبب التهابات متكررة وانسداد في الوعاء اللمفوي بالساقين أواليدين مما يؤدي إلي تورم الساقين وتليف أنسجتها.